La segunda época de Merrie Melodies (1939-1942) es valorada de forma unánime por los historiadores del cine y la crítica profesional como el período del «milagro creativo» y la consolidación absoluta de la Warner Bros.. Durante estos cuatro años, la serie pasó de ser un escaparate de experimentación a convertirse en la vanguardia de la animación mundial, superando por primera vez la influencia cultural de Walt Disney gracias a la madurez de los directores de Termite Terrace.

El gran hito crítico de este periodo es la transición definitiva de los personajes genéricos «de un solo uso» (one-shot characters) al desarrollo de estrellas con una psicología compleja. El momento cumbre ocurre en 1940 con el estreno de A Wild Hare (dirigido por Tex Avery), cortometraje nominado al Óscar que asentó la personalidad definitiva de Bugs Bunny y definió su dinámica contra Elmer Gruñón.

En estos años, las unidades de dirección alcanzaron su pico de brillantez individual, distanciándose de la homogeneidad corporativa de otros estudios: Tex Avery (hasta 1941): La crítica elogia su obsesión por destruir la lógica interna de los dibujos animados. Llevó el ritmo de los gags a velocidades nunca vistas, jugando con la metaficción y parodiando los propios clichés del cine. Bob Clampett: Considerado el director más visceral y elástico. Su estilo destacó por una animación hiperbólica, el uso de la técnica del smear (deformación extrema para simular velocidad) y un sentido del humor salvaje y surrealista. Chuck Jones: Durante este periodo pulió su característico academicismo visual y la comedia basada en la microexpresión y la pose analítica de los personajes.

A nivel técnico y formal, la crítica destaca el rol de Carl Stalling, cuya madurez compositiva alcanzó su cenit entre 1939 y 1942. Stalling dejó de usar la música meramente como acompañamiento rítmico para convertirla en un elemento de subversión narrativa, mezclando partituras clásicas con canciones populares para añadir dobles sentidos cómicos a la acción en pantalla.

Con la entrada de Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial, la serie demostró una audacia política única. Mientras otros estudios hacían propaganda estrictamente didáctica, Merrie Melodies abordó el conflicto a través de la parodia ácida, la burla directa a los dictadores del Eje y la desmitificación de la solemnidad patriótica, ganándose la complicidad del público adulto de la época.

A principios de los años 40, debido a la Segunda Guerra Mundial, el estudio sufrió una gran escasez de animadores porque muchos fueron reclutados por el gobierno para crear cortos propagandísticos militares (como la serie Private Snafu). Al no poder cumplir con la cuota de estrenos exigida, el productor Leon Schlesinger ideó en 1943 el programa «Blue Ribbon Hit Parade». Consistía en reestrenar cortometrajes de Merrie Melodies de años anteriores en los cines. Cuando se reestrenaban, se les eliminaban los títulos de crédito originales y la cartela de presentación para ponerles una genérica con un «listón azul» (Blue Ribbon). Por ello, en los registros antiguos de 1943 aparecen muchos títulos repetidos de los años 30.

Conclusión: el periodo 1939-1942 representa la mayoría de edad del estudio y su época más revolucionaria. La conclusión de la crítica es que en estos años se redactó el manual moderno de la comedia animada. Al finalizar 1942, Merrie Melodies demostró al mundo que los dibujos animados no necesitaban buscar el fotorrealismo ni la moraleja idílica para ser obras de arte imperecederas. En su lugar, el estudio apostó por la sátira, la energía caótica y el ingenio verbal, obligando a toda la industria (incluida la propia Disney) a acelerar su ritmo y cambiar su forma de entender el humor cinematográfico.